Es posible que la licencia/clave que posees solo vale para la versión de windows ¿?. En ese caso, me temo que tendrás que adquirir la licencia para la versión de "linux" si quieres disfrutar de la versión nativa. Sino, te va a tocar usar wine.

Gracias por la respuesta.
Luego de buscar un buen rato, encontre la licencia correcta y ahora disfruto de doom3 nativo.
Pero ahora tengo otro problema.
cuando inicio el doom3 por primera vez, se me reinicia la sesion y tengo que volver a loguearme, luego de esto, si me deja entrar al juego.
Alguna idea??
uso kde y debian testing y he instalado los drivers de mi nvidia correctamente.

Tendrías que abrir un nuevo hilo para esa pregunta.

Saludos