Problemas con caracteres (acentos, ñ, y otros caracteres) en programas desarrollados en linux y ejecutados en windows [Solucion

Tengo un problema en un programa que estoy desarrollando en linux y al ejecutarlo en windows los caracteres tales como acentos, "ñ", y otros mas se me decodifican/tranforman en otras gansadas. Si alguien sabe como solucionar esto, agradeceria su comentario ya que no encontre una satisfactoria respuesta y quisiera saber como programar aplicaciones para que no halla problemas al cambiar el SO y sean realmente multiplataformas

Supongo que es problema de la codificación que usa GNU/Linux es el utf-8 (que es el estándar).

En este link un usuario afirma tener la solución a tu caso en concreto:

http://rubensa.wordpress.com/2006/09/07/eclipse-character-encoding/

Saludos.

Al final lo he solucionado (creo/parcialmente) seteando en el proyecto a traves de properties, el text file encoding a ISO-8859-1. Hasata ahora ha funcionado... Si sucede lo contrario comentare