Bueno, pues la verdad no uso Deluge, pero si en la UI local puedes establecer/cambiar el limite de velocidad, se me ocurre que te fijes en que archivo de configuración se modifica y cuando necesites establecer el límite, modifiques ese archivo por ssh.

¿Qué versión de deluge usas? Asumo que la 1.2_rcX

Y ¿por qué no usas el cliente estándar (la GUI por defecto) contra tu servidor?

Si sólo puedes conectarte al puerto 80 y al 22 de tu servidor tienes dos opciones:

1.- Poner el motor deluge a escuchar en el puerto 80
2.- Usar un túnel ssh para conectar con el puerto estándar (58846)