mmmh... no lo pillo.. ¿cuando dices llamar te refieres a abrirlo o a cambiarle el nombre simplemente? en el segundo caso ¿para que necesitas cat?

Y luego está system... ¿te has asegurado de que te devuelve siempre el valor correcto y no "false" por ejemplo?

Cat te da los parametros necesarios para que se ejecute la linea awk... no entiendo bien lo que quieres hacer, asi como lo has puesto funciona... aunque podrias probar anteponiendo exec a programa, podrias mostrarnos el error?

Cat lo uso para leer el fichero original y pasarle los datos a awk.
Cuando digo llamar me refiero a ejecutar el programa que convierte semana y segundo en año.decimal, para insertarlo en la salida.
Estoy ahora probando con algo como:

cat fichOrig | awk '{print $2,ANYO,$5,$6,$7}' ANYO=`programa $3 $4`

pero también da error, dice que no encuentra un fichero o directorio:

awk: cannot open de (No such file or directory)

En este caso, "de" es parte del mensaje que devuelve mi "programa" cuando no se le llama con argumentos corrector, de donde deduzco que $3 y $4 no se están pasando correctamente en la llamada ANYO=`programa $3 $4`
Por otra parte, si introducimos valores válidos explícitamente:

cat fichOrig | awk '{print $2,ANYO,$5,$6,$7}' ANYO=`programa 1564 259200`

el programa funciona correctamente:

BLG_ 2009.994520548 5569885.5340 3105318.5555 -180595.2185
BLG_ 2009.994520548 5569885.5341 3105318.5373 -180595.2038
BLG_ 2009.994520548 5569885.5514 3105318.5618 -180595.1992
BLG_ 2009.994520548 5569885.5664 3105318.5608 -180595.2180
BLG_ 2009.994520548 5569885.5606 3105318.5601 -180595.2152

Entonces, ahora la pregunta sería: ¿como hago para que en la llamada

cat fichOrig | awk '{print $2,ANYO,$5,$6,$7}' ANYO=`programa $3 $4`

los argumentos $3 y $4 sean entendidos correctamente en ANYO=`programa $3 $4`?

No entiendo tu linea...
Cat fichOrig: salida del contenido del fichero fichOrig. Ok
awk '{print $2, ANYO... : que valor tiene ANYO en este momento? desde mi punto de vista ANYO no vale nada
ANYO=`programa $3 $4`: que valor tienen $3 y $4? no tengo la más remota idea.

Prueba de meterlo en un script bash y de ir viendo los valores que toman las variables, parece más un problema de lógica que otra cosa.

Ahí está el problema, que antes de que awk imprima los resultados necesito trabajar con algunos de ellos (y para esto necesito llamar a un programa externo), las columnas $3 y $4, para generar un valor que será presentado en el resultado final. $3 y $4 son las columnas correspondientes de fichOrig

Hola,
Al final he solucionado el problema de dos formas: una cutre y otra que no está nada mal. Primero la cutre:

He conseguido realizar los cálculos externos con una llamada a system(), aunque he tenido que ayudarme de un fichero con funciones de awk y dos ficheros intermedios. En el fichero de órdenes de awk escribo:

Y en otro script escribo:

Llamando a este script leo con awk el contenido original, convierto la fecha, la pongo al final de la línea y guardo el resultado en un fichero auxiliar. Como la llamada a system() devuelve el resultado con retorno de carro y éste está al final de la línea, en el fichero auxiliar hay líneas en blanco, que quito también con awk y guardo en aux1. Por último, leo aux1 y ordeno las columnas como me interesa. Hasta aquí, la solución cutre.

La buena es tan fácil como:

Vivir para ver, ni siquiera hace falta el awk. No sabía que se podía usar while read de esta forma.

mmmmhh...ya veo... ¿y no puedes hacer los cálculos sin llamar a un programa externo, directamente? manipula las variables desde bash

El problema es que lo del cambio de fecha no es trivial.