No sé para aplicaciones qt, pero para las gtk tenés lxappearance, y gtk-chtheme.
Un saludo.

Pues creo que eso que quieres cambiar es el tema de las aplicaciones.

Como usas aplicaciones en entornos no nativos se instalan con un tema por defecto, ahora simplemente deberías instalar un tema de tu agrado y hacer que las aplicaciones lo usen... eso es la teoría, como hacerlo quizás gráficamente o por terminal no lo he intentado así es que hasta aquí queda mi mísero aporte.

Saludos.

Hey... están buenas, no las tenía presente.. sin embargo estás sirven para cargar un tema predefinidos, estaba pensando más bien algo más "artesanal" que permita ajustar los colores manualmente, quizás partiendo de alguno de esos temas que ya están instalados...

Estoy viendo algo en ese sentido como 'gnome-color-chooser'

en ese caso ármate de paciencia y edita tu mismo el tema que quieras tomar como base editando a mano su archivo gtkrc: http://live.gnome.org/GnomeArt/Tutorials/GtkThemes

El equivalente a lxappearance para aplicaciones qt es qt3-qtconfig o qt4-qtconfig en función de que sean apliaciones qt3 o qt4

Mmmm lo de escribir configuración en archivo lo he padecido un poco con icewm a falta de alguna herramienta de configuración adecuada en la paquetería de Debian (por fuera de la distribución Debian parece que se podría conseguir algo...) Pero creo que no es lo que estoy buscando, desearía encontrar alguna aplicación gráfica muy simple por que me da flojera y me parece arcaico y poco práctico para ir probando eso de configurar vía archivo de texto. En mi cabeza todavía no puedo traducir el numero a un color e imaginarme como se vería jajajaj

Resumiendo lo que he podido sacar en limpio de todo esto, gracias en parte a las recomendaciones brindadas aquí:

2 Opciones que permiten cambiar estilo de temas de escritorio GTK/Gnome:

# aptitude install lxappearance
# aptitude install gtk-chtheme

Pero no permiten configurar uno mismo los colores...

Esto permite ajustar colores al parecer, también permite usar pedazos de distintos temas
(pero parece que no reconoce a todos los temas)
# aptitude install gnome-color-chooser

Los cambios aparecen guardarse en estos archivos:
~/.gtkrc-2.0-gnome-color-chooser
~/.gtkrc-2.0
Que a su vez parece que tienen en cuenta estos otros:
~/.gtkrc-2.0.mine
~/.gnome-color-chooser/images/

Estos otros no estoy seguro de que forma podrían llegar a modificarse:
-GTK tiene este:
~/.config/gtk-2.0
-Aplicaciones con GTK o de Gnome puede ser que guarden configuración aquí (¿?):
~/.gconf
~/.gconfd

Aplicaciones de KDE/QT dependiendo de si son en qt3 o qt4:

# aptitude install qt3-qtconfig
# aptitude install qt4-qtconfig
Se ejecutan respectivamente:
$ qtconfig-qt3
$ qtconfig-qt4
Si hay uno solo creo que solo: '$ qtconfig'

Parece que si en el de QT4 el 'Select GUI Style' se selecciona 'GTK+' deberían dibujarse las ventanas con los mismos colores que para las que usan GTK... Al menos con este programa eso es así... pero con k3b o krusader no parece funcionar ¿?... El de QT3 ni siquiera trae esa posibilidad...

Mi idea era escoger colores a mi gusto partiendo de algún tema sencillo y dejar todo con una estética más o menos parecida entre el icewm, aplicaciones que usan GTK y aplicaciones que usan QT... parece que con GTK está bastante resuelto... con QT no estoy teniendo éxito y sigo viéndolo muy empalagoso en el 'k3b' y el manejador de archivos 'krusader' (justo ahora no tengo el 'kile' para escribir en LaTeX instalado y no se como se vería)