No se si te ayudo, pero conozco de gente que instala juegos con Wine y les configuran las combinaciones de teclas para que no coincidan con las de KDE, así tienen atajos de teclado para todo. Respecto a lo de manejar ventanas segundo plano, debería funcionar si está bien configurada la combinación.
Entra en el foro oficial de Wine http://forum.winehq.org/ y manejate con el buscador. Hay muchísima información de gente que configura las teclas para juegos y demás cosas. Espero que lo puedas solucionar. Saludos.

La cosa es que spotify en windows no tiene combinaciones de teclas globales, solo tiene unas a las que responde solo si la ventana tiene el foco. Y las combinaciones "locales" o sea cuando spotify tiene el foco, si que funcionan, pero solo si tiene el foco, si no no. Entonces mi duda es como mandarle una combinación de teclas a una ventana en concreto, aunque esté en segundo plano. Así que no creo que tenga que ver tanto con wine como con el manejador de ventanas, kwin en este caso.

Gracias de todas formas.