Appletviewer fuera del path y javac no me deja importar algunas clases.

Amigos, hace unos días instalé el Eclipse para hacer más práctico mi trabajo con java, antes de instalarlo yo tenía instalado el sun-java6-jdk, pero parece que el Eclipse lo reemplazó y puso por defecto el gcj. El gcj no me es funcional del todo y da problemas gráficos con el javax.swing.*; y todos los JOptionPane.etc, por esto hice un:

$ sudo update-alternatives --config java

Les pongo la salida de modo más completo:

neo@matrix:~$ sudo update-alternatives --config java

Hay 4 alternativas que proveen `java'.

  Selección     Alternativa
-----------------------------------------------
*         1    /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java
          2    /usr/bin/gij-4.2
          3    /usr/bin/gij-4.3
+        4    /usr/lib/jvm/java-gcj/jre/bin/java

Pulse <Intro> para mantener el valor por omisión [*] o pulse un número de selección: 1
Utilizando `/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java' para proveer `java'.
neo@matrix:~$

Ya pueden ver que puse el java-6-sun por defecto, y todo me funciona bien en lo que a los gráficos y demás funciones respecta. Ahora, el problema que tengo es que desde consola no puedo ejecutar appletviewer, aunque si existe en /usr/bin pero como un vínculo a /etc/alternatives/appletviewer que a la vez es un vínculo a /usr/lib/jvm/java-6-sun. Desde el mc se observa el appletviewer que está en /usr/bin rojo con un signo de admiración final: !, y me muestra lo antes dicho, o sea que es un vínculo no un ejecutable. Bueno parece que trabaja así pero el asunto es que no me funciona.
Así también cuando compilo alguna clase en la que haya importado el java.util.Scanner; por poner un ejemplo no me compila y me da error y ahora que abrí la consola para ponerles el error que me sacaba, tomé como ejemplo otra clase y parece que no es sólo con el java.util sino con la mayoría de las clases, miren:

neo@matrix:~/workspace/URL2$ javac url2.java
----------
1. WARNING in url2.java (at line 2)
import java.io.*;
       ^^^^^^^
The import java.io is never used
----------
1 problem (1 warning)neo@matrix:~/workspace/URL2$

Y por si acaso dudan del código o algún error, se los pongo, es corto:

import java.net.*;
import java.io.*;
import javax.swing.*;

public class url2 {
    public static void main(String[] args) throws Exception {

        String URLQUEST;
        URLQUEST = JOptionPane.showInputDialog("URL: ");
        URL aURL = new URL( URLQUEST );
        JOptionPane.showMessageDialog(null, "protocol = " + aURL.getProtocol() + "\n"
        + "authority = " + aURL.getAuthority() + "\n"
        + "host = " + aURL.getHost() + "\n"
        + "port = " + aURL.getPort() + "\n"
        + "path = " + aURL.getPath() + "\n"
        + "query = " + aURL.getQuery() + "\n"
        + "filename = " + aURL.getFile() + "\n"
        + "ref = " + aURL.getRef());
    }

Como pueden ver con el javax.swing.*; no hay problemas ni con el .net.*; pero con el .io.*; me da problemas.
Sin embargo desde el eclipse todo me sale perfecto: previsualización de applets, ningún problema con las clases que importo y todo perfecto, pero no siempre tengo el ánimo de esperar el inicio de eclipse para trabajar y además cuando llevo mucho tiempo haciendo algún proyecto en Eclipse le empiezo a hechar de menos a la consola, el vim, los comandos, etc.
Les agradecería a los que están de algún modo relacionados con java que me echaran una mano.
Gracias de antemano y mis sinceros saludos.