Es por permisos fijate que apache se arranca con un usuario y la carpeta de ftp puede que no pertenezca a ese usuario, por ejemplo:

mi usuario ftp es zital pero apache arranca como www-data por lo tanto no podra ver mis carpetas a no ser que le ponga los permisos adecuados, prueba a meter los usuarios del ftp al grupo www-data o el que use apache, de todas formas puedes cambiar el usuario que ejecute apache.

Haz lo que más te convenga :)