¿Por casualidad ejecutaste apt-get o aptitude install para cada uno de esos paquetes?
Si es así, esa es la razón. Los que se marcan como instalados automáticamente, son aquellos que el gestor de paquetes instala por su cuenta para resolver dependencias.
Saludos.

Ese comportamiento respecto a la caché viene "configurado por defecto en testing y sid", no siendo así o, por lo menos, dejando un margen de tiempo mayor en las versiones estables respecto al tiempo que tiene que tener un paquete (la "edad" del mismo, la "caducidad") ubicado en /var/cache/apt/archives. Los paquetes instalados en el sistema, no son borrados, pero si las versiones de éstos una vez han quedado obsoletos. En sid, p.e., una vez actualizas un paquete instalado, el archivo anterior se borra en ese mismo momento, mientras que en estable se mantiene un tiempo prudencial para poder "downgradearlo" facilmente si tienes algun problema. Todos estos parámetros se puden configurar usando el archivo apt.conf.

Échale un vistazo a

y a los archivos que se encuentran en

Por la red tienes tambien bastante información sobre la configuración y funcionamiento de apt-get, apt-cache y demás "apt-comandos" de los que dispones en el sistema.
Básicamente, puedes modificar ese comportamiento usando los parametros "edad del paquete", "antiguedad en la cache", y un par de ellos mas, así como las configuraciones de autoclean (borrado de paquetes no instalados) y clean (borrado de la caché).

De todas formas, si tengo que instalar algo desde un deb que no se encuentra en repositorios, no suelo usar /var/cache/apt/archives para guardar esos paquetes, por esa misma razón, pasado un tiempo, son eliminados y se pierden... Prefiero tenerlos en un direcotrio, en mi home mismo, de donde no son borrados a no ser que sea yo mismo el que lo haga.

Gracias, voy a empaparme un poco mas.
Los paquetes que pongo en el caché son descargados desde los repositorios dado que mi mala conexión no me permite descargar/instalar en forma tradicional, por lo que no entiendo el por que estos paquetes duran unos pocos días y no indefinidamente , después de todo estos paquetes son los mismos y están en concordancia con los índices de repositorios, no se tratan de paquetes extraños a los repositorios como podría ser nerolinux o cualquier otro , para estos paquetes si es muy lógico que salgan pronto del caché si es que a alguien se lo llega a ocurrir ponerlos allí.

Aunque esos archivos los hayas bajado del repositorio oficial, digamos que el gestor de paquetes, ya sea apt-get, aptitude o cualquiera que se te ocurra, no "tiene constancia" de la descarga de esos paquetes, y para el son "extraños", al realizar un update, apt descarga unos archivos que, digamos, son listas del contenido en los repositorios, al realizar una operacion de instalación y/o actualización de paquetes, descarga el .deb necesario y actualiza sus registros (descarga, atiguedad, estado...), no incluyendo en ellos los paquetes que tu has metido ahi. Como bien dices, empápate sobre apt y apt.conf, así podras configurar tu sistema para que no haga un autoclean (borrado de archivos .deb no necesarios o no instalados) o un clean (vaciado de cache de archivos .deb) cada vez que actualice, o incluso hacer que los mantenga indefinidamente (tendrás que estar atento e ir realizando la operacion tu mismo con los comandos apt-get autoclean y/o apt-get clean, o acabarás teniendo una ingente cantidad de espacio ocupado en /var/cache/apt.