Parece ser que los paneles están al costado, y aparentemente están transparentes.
Intentá arrastrar esos espacios en blanco a sus posiciones originales (arriba o abajo).

tiene toda la pinta de que ahi hay dos paneles laterales, esos que no se veian cuando le "diste" tantas veces...
Hace tiempo que no uso gnome, pero si mal no recuerdo, se pueden configurar los paneles para que se puedan "esconder" pulsando sobre una de sus puntas.
Configura el superior o el inferior para que se comporte de esa forma, y al ocultar uno de ellos, es más que posible que veas lso paneles laterales y asi poder quitarlos. Tambien puedes probar con el botón derecho sobre esos espacios que se quedan alos lados, no sea que los paneles estén transparentes y estén ahi pero no los veas... También se me ocurre, si es que funciona asi, como lo hace (o hacía) en kde, al ir a configurar un panel, tenías un desplegable para seleccionar cual de ellos querias configurar, para asi no tener que cerrar, irte a otro, y volver a hacer el mismo proceso.

Si nada de eso te sirve, prueba con gconf-editor, apps, panel. A ver qué te encuentras ahí.

Solucionado. Una de las veces que he reiniciado sí que han aparecido las barras que antes estaban "invisibles". Simplemente las he eliminado y listo. No tengo ni idea de por qué las veces anteriores no se veían...

Gracias a todos por los consejos.

Si fueras tan amable de marcar el hilo como solucionado te estaremos muy agradecidos.

Saludos