Yo creo que lo mejor seria hablar del hardware de red que es lo primordial en este caso y lo que realmente va a trabajar, y entonces hablamos de tarjetas que trabajen a 1000Mb/s , pero no solo basta con esto, necesitas que el cableado esté acorde con este hardware, vamos categoria 5e y nada de hacer amaños, y no solo basta con esto si no lo complementas con switches que trabajen a 1000Mb/s, podría pero no quiero decirte modelos y marcas.

Yo dejaria la parte de enrutado entre vlans a un switch dedicado para ello, de nivel 3, y la parte de proxy/firewall al servidor en cuestión.

Con respecto a los discos no es algo fundamental por el servicio que va a prestar el equipo,, asegurate de tener minimo un raid 1 por software si es que no lo tienes por hardware.

Tenes idea cuanto cuesta un switch capa 3? No cuento con ese presupuesto! por lo tanto el ruteo lo va a hacer el debian me parece la solucion mas economica.
Con respecto a las interfaces de red seguro que van a ser 1000 base TX de todas maneras el hardware actual es todo 100 base TX pero si van a manejar todo el trafico me parece adecuado adquirir NIC's gibabit ethernet.
Con respecto a los discos si me parece importante con la cache se esta constantemente escribiendo y leyendo de estos.
Gracias por contestar. Saludos