Puedes tener esos dos núcleos instalados al mismo tiempo y arrancar con cualquiera de los dos.

Puedes instalar el 686 de los repositorios y probar (aunque debería ir mejor el 686 puede que no percibas la diferencia). Elige el que más te guste y desinstala el otro o, también, puedes quedarte con los dos.

Lo de @Erno y añado que la diferencia de rendimiento entre un kernel precompilado y uno que te compiles es casi inexistente, la diferencia se nota a la hora de cargarlo y eso si el que compiles tiene lo justo siendo así más ligero, sino olvidate.
Y con el PC que describes no creo que te compense casi nada compilar, puede tardar mucho mucho mucho.

Te recomiendo que revises el siguiente link para ver como compilar el kernel linux.

Dale Click Aquí

Es un video con el que aprenderas mucho.

Si tienes oportunidad de conseguir en libro titulado Running Linux también podría ayudarte.

Suerte

yo tenia un equipo de pruebas similar al tuyo, y te aseguro que con el kernel *.-486 el rendimiento es mucho mejor que con el 686.

ahora estoy con los 2 kernel instalados, el 486 y el 686, trate de compilar mi propio kernel con lo que yo creo que nesesito pero ya tiraba para las 3 horas compilando y tenia que ocupar el pc asique lo cerre, porque me ocupaba todos los recursos que tenia, creo que eso lo dejare para cuando viaje a la playa y lo deje trabajando solo, por ahora voy a probar el 686 a ver como me va aunque no e notado mucho cambio tendre que optar por apt-build con algunos programas, por ahora lo bueno es que me corre debian no vuela pero trota despues les cuento que paso gracias por sus comentarios.

Avisado estabas.

Puedes revisar estos videos son por partes:
http://www.youtube.com/watch?v=bH4H9cHPV2s
Que tengas mucha suerte