Dices que las particiones las haces de manera manual y no tienes problemas y cuando intentas hacerlas automáticamente te las parte como mencionas? No entiendo cual es el problema siendo así que le estás pidiendo al instalador que las haga automáticamente y a piachere del instalador... no se si se entiende mi pregunta.En pocas palabras si el instaldor partciona de esa manera y no te gusta pues hazlo manual.
Además de todo realmente das pocos datos del problema mucho más no se me ocurre.
Abrazos!
Sebas

Por ahi no se entendio, lo hago manual pero no me deja hacer una particion que sea de 1TB siempre tiene que ser de menos

De que manera estas intentando instalar por DVD/CDs bajados, netinstall,etc,etc, amplía un poco más, da datos de tu hardware por ejemplo.
Saludos!
Sebas
EDITO:También dinos que tipo de sistema de archivos estás intentado usar.

y el swap? mínimo dos particiones, si es a eso lo que se refiere

Yo tengo 1 disco de 2 teras e hice la particion /home en él, sin problemas y en otro de 100 gigas hice el /

Perdon por meterme en el tema.

Pienso que si utilizas el "particionado guiado", el instalador hace un calculo, sobre la particion total y te crea el / y el swap con unas cantidades proporcionales.

Yo siempre utilizo el manual, es mucho mas comodo.

Pero mi comentario es por lo siguiente:

¿Es posible que la particion de /home, tenerla en un disco independiente?

Y si tengo que reinstalar, como hago luego para acceder a la particion, csin problemas y los permisos?

No se si esta es la mejor forma de comentar algo.

Perdon si lo hago mal.

Gracias.

¿Cuál es el tamaño total del RAID?

Debian emplea, por defecto, tablas de particiones de tipo MS-DOS. Estas tablas presentan un límite muy molesto respecto al volumen de datos que pueden gestionar. No estoy seguro, pero creo que las tablas MS-DOS no son capaces de gestionar almacenamiento por encima de los 2 Tb.

Si tu RAID es mayor de 2 Tb, quizá el problema es que estés intentando rebasar éste límite y sólo se reconozcan los gigas que te faltan para llenar los dos teras (39 Gb).

Si este es tu caso, lo que debes hacer es iniciar el instalador en modo experto y emplear una tabla de particiones tipo GPT. ¡¡HAZ UN BACKUP DE TUS DATOS PREVIOS!!

En caso de que este no sea el problema, puedes particionar el dispositivo desde un entorno Live (para algo existen cosas como Knoppix o Porteus) y luego instalar Debian sobre las particiones que hayas creado.

Yo siempre cacharreo con mis particiones usando este pequeño live CD
(pequeño en tamaño, no en poderío):

Parted Magic: http://partedmagic.com

NOTA: Hace un par de semanas he creado una única partición en un
Western Digital de 2 Terabytes abarcando todo el disco, concretamente
en formato ext4. Eso sí: de RAID nada, no uso.

¿ y que tal utilizar el gparted de una distro live-cd?
¿Es posible?

Lee mi mensaje anterior, que para algo lo he escrito.

EDITO:

Puedes crear todas las particiones que quieras de forma externa al instalador
de Debian y, después, decirle a éste que las monte cómo y dónde tú quieras.