Los microprocesadores traen extensiones para agilizar el proceso de virtualización.

Podrías mirar en la BIOS de tu placa base en busca de cierto ajuste que activa o
desactiva dichas extensiones.

También deberías mirar en la configuración de tu máquina virtual en VirtualBox
en cuanto al uso de lo mencionado.

AÑADO:

Creo recordar que a VirtualBox también puedes decirle de cuántos núcleos debe/puede
disponer para tu máquina virtual.

Hola
si tambien el disco, a mi suele pasar que cuando escribe recursivamente, se pone mas lento, por algun tiempo hasta que se estabiliza, en el win podrias, desactivar el cache de disco de win, y quitar todas las tareas y servicios que no se use, en definitiva monitorizar las tareas de disco, desde win y desde debian, podes hacer copias de la imagen de disco antes de cambiar algo, y vas probando, quitarle los efectos, etc.
a mi (no tengo raid) me resulta mas asignarle un disco fisico aparte a la maquina virtual, y segun que tipo de aceleracion de video uses en la vm va mejor el vmware (el player o el workstation), o darle mas memoria de video,
deberias tratar de aislar el evento, y ver cuando pasa, o que tipo de tarea haces cuando pasa.
Saludos

Instala las addittions de VirtualBox para el cliente Windows...

1.- Creo recordar que NO se le debe asignar todos los núcleos al SO invitado, como máximo se podrá darle N-1 núcleos, en tu caso serían 3.
2.- Recomiendo trabajar con carpetas compartidas teniendo los archivos en SO anfitrión , esto además va a minimizar que se llene el DD virtual de ceros y así minimizar las tareas de compactación -shrink-
3.- A diferencia de V;Ware,Vbox carece de una herramienta de compactación que es conveniente hacerlo cada tanto pero puedes seguir estos pasos manualmente .
http://kakku.wordpress.com/2008/06/23/virtualbox-shrink-your-vdi-images-...

Traen extensiones?, que tipo de extensiones? o cómo las busco en el Bios?, en cuanto a los nucleos, le estaba asignando 1 y luego hice la prueba con 4 y pues si mejoró un poco, ahora probaré con N-1 (3) como dice cacumen, haber si mejora el rendimiento, el software hace un trabajo en 3D, así que en la tarjeta de video hice pruebas (configuración de video del virtualbox) y cuando le agrego "aceleración 3D" se vuelve aún más lenta, por lo que he dejado solamente "aceleración 2D", espero esto no tenga nada que ver con el problema, lo comento por si algo estoy haciendo mal, Muchas gracias!!!

Sí, ya las instalé las Guest Additions, no creo que sea eso...

No sabía lo de los núcleos, estaba con 1 nucleo y luego con 4 (con 4 funcionó mejor), pero ahora intentaré reducirlo a 3, tengo 8g ram y estoy asignandole 4096MB, supongo que está bien, no?,
Todo el trabajo que se desarrolla en esta máquina virtual (archivos) se encuentran en otro disco duro (no es el de debian) otro disco SATA (ntfs, obvio por que es win7 el sistema que se corre, sino no podría leerlo), así que según yo eso ayuda no?, la carpeta compartida no está en el SO huesped, sino en otro disco duro. pero muchas gracias!, haré lo de los 3 nucleos.

Bueno, pues realmente con 3 nucleos mejoró mucho el rendimiento, aprecio mucho el apoyo, lo estoy corriendo con un nice -10, y se ve bien, gracias!!

El hecho de que Debian sea el Host, permite que desde el Guest puedas acceder a las particiones que el Host reconozca, en síntesis, desde windows virtual podrás acceder a particiones EXT4 por ejemplo.
Recomiendo además que definas a /media como carpeta compartida, esto te permitirá acceder a todas las particiomes montadas dentro de ella, como ser DD externos, pemdrives. CDrom, etc,etc,
En definitiva si quieres mas velocidad, usa una partición de Debian del DD interno, no importa que esté en EXT4 , los DD externos USB son siempre mucho mas lentos, su uso lo destinaría solo para respaldos y puedes formatearlos en EXT4

Antes hacía lo mismo creyendo que el rendimiento sería mejor, pero actualmente dejo asignada la cantidad de memoria RAM que VirtualBox asigna desde el momento de la creación de la máquina virtual, y el desempeño es óptimo. En caso de que el sistema virtual requiera más memoria entonces la tomará del total de la memoria RAM que tenga el sistema host, y no se limitará por la que uno haya previamente establecido.

Si me equivoco corríjanme por favor,
Gracias.
Sidd.