¿En que rama estas? Yo uso estable ahora mismo y con scrotwm y no me ha pasado nunca.
¿has probado con el atajo de teclado de reinicio?

Tengo casi todo el sistema en testing como el kernel, xorg y el propio scrotwm. Probaré lo que comentas de recargar la pantalla.... ¿pero esto me cerrará las aplicaciones abiertas?

No, pero es posible que te ponga el foco en el primer escritorio. Al menos eso me hace a mi en estable

Tienes razón, justo esta mañana mientras trabaja con 4 espacios de trabajo, uno de ellos con icedove y vuelvo a perder el foco y se vuelve a repetir, no puedo abrir un terminal ni pasar a otro espacio de trabajo.....

Con la combinación M+S+i recarga scrotwm sin cerrar las aplicaciones y puedo seguir currando...

Es posible que sea el refrito entre estable y testing, aunque .xsession-errors solo lanza algun warning de las aplicaciones gtk...

Yo tengo a veces ese problema pero es en una maquina virtual y lo achaco a esto, por que en casa no me ha ocurrido nunca