¿Ha vuelto a ocurrir?
¿Actualizaste alguna versión últimamente?
Lo mio no resolverá tu problema pero puede ser una ayuda ....
Yo borré todos los arcvhivos de .config.
y actualicé a la version 3.2 que está en experimental.... pero no me fué bien y tuve que hacer una instalación limpia del s.o para eliminar librerias raras o con bugs... y funcionó, lo que pasa es que después actulicé a la version 3.2 que es la que estoy yo ahora....

mmm...vaya una instalación limpia...ufff espero no tener que darme esa vuelta de nuevo...y no hay una forma de eliminar librerías raras y esas cosas??

Tendrías que ver el log de aptitude o apt y ver los cambios realizados en la última actualización y ver qué falló. Existe la posibilidad de hacer un downgrade, pero, muchas veces resulta casi imposible hacerlo porque rompe muchas dependencias que en su momento fueron satisfechas....
Intenta primero averiguar con todos los logs posibles ( /var/log...) que libreria o paquete está fallando y luego intenta poner remedio... Si aún así no es posible, te recomiendo entonces un borrado de los archivos de configuración del escritorio ( excepto firefox, evolution, y msn ) ya que estos no influyen .... y arranca sin miedo. Si sigue fallando, entonces está el bug en el s.o ( alguna libreria) y para eso, sólo existe la posibilidad de hacer un downgrade a ese paquete o si son varios, recomiendo hacer una instalación limpia ( sólo del s.o ) no hace falta tocar la partición /home.
El peor de los casos es que tengas linux todo en una partición y esto obliga a borrar todo el /home, si es este tu caso, entonces esfuerzate en averiguar que falla y exponlo por aquí. Consulta los posibles bugs del paquete sospechoso y actuar de forma consecuente.
Por ahora no aportas ningún dato relativo a qué está fallando....Sería bueno que intentes subir los errores sobre todo cuando arranca tu pc ( gdm, session.logs, etc....).