preguntas:
que driver tenes?
aparte de actualizar el kernel, instalaste los headers del 3.1? porque sino al momento de actualizar, no se actualizan los modulos, podrias ver si tenes el modulo cargado lsmod | grep nvidia, yo no tuve problemas al actualizar del 3. al 3.1 cuando lo hice, lo mismo ahora deberias actualizar la configuracion del xorg con nvidia-xconfig, si no arranca, podrias ver que te tira el Xorg en el log (probablemente /var/log/Xorg.0.log) o directamente en la consola, para poner por defecto es Xorg -configure y lo pone en /root/xorg.conf.new despues es solo copiar a etc/X11

Te comento una experiencia similar, estoy también en testing pero con video ATI, si instalaba el driver privativo (desde los repos) e iniciaba las x (no utilizo dm, inicio con startx) me fallaba la primera vez pero si lo ejecutaba de nuevo si levantaba, es como si el modulo no se cargara la primera vez y a la segunda si .

Tampoco lo solucioné, porque como no me interesa tener aceleración 3d me conformé con desinstalar los drivers privativos.

Prueba iniciar las x de nuevo a ver si te sucede lo mismo que a mi.

Instala los headers del nuevo kernel.

Nota: Ya lo comentó alambre, una disculpa, si gustan pueden borrar el comentario.

pues era eso. he vuelto a instalar el privativo, después linux-headers, reinicié y arrancó.
entonces cada vez que se actualice el kernel en testing ¿tengo que instalar los headers para ese kernel?

No, instalas el meta-paquete de los header y se mantendrán al día.

Instala el metapaquete linux-headers-amd64 como lo hiciste con el kernel y el respectivo metapaquete

Mira pues, de nuevo, debo estar dormido

El problema es que se necesitan los headers para que se te recompile el módulo(driver) de nvidia automáticamente con el dkms. A mi cada vez que hay un cambio de kernel, no se me actualizan los headers y me pasa lo mismo.

bueno pues todo aclarado. gracias a todos por la clase
un saludo