Actualización de árboles de directorios

Estoy un poco liado intentando actualizar una serie de árboles de directorios a partir de otro que funciona de maestro. He pensado en utlizar una conexión ftp para realizar la transferencia, pero me estoy perdiendo intentando comparar las fechas de los archivos en uno y otro lado, para saber si un archivo a de ser actualizado o no. ¿Estoy muy descarriado para intentar resolver el problema o es que realmente es complejo?: El servidor es Debian 3.0, los clientes windows heterogéneos.

Gracias por vuestra atención.