La mayoría de los archivos de configuración en las distribuciones basadas en Debian se encuentran en el directorio /etc. El contenido de cada uno de estos archivos puede ser visualizado con el comando cat y la edición con: nano, vi, kate, gedit o el editor de tu preferencia.

No se hablará de las modificaciones y configuraciones de estos archivos sino simplemente daremos un vistazo a los que en general se consideran más importantes.

X server:
/etc/X11/xorg.conf Archivo de configuración para el servidor X

Administración del sistema:
/etc/fstab Archivo con las especificaciones de las particiones que se montan al inicio o con mount -a.
/etc/ininttab Archivo de los niveles de ejecución del sistema
/etc/apt/sources.list Archivo con la lista de fuentes o repositorios
/etc/modules.conf Archivo de configuración de los módulos que habilitan ciertos dispositivos
/etc/motd
/etc/crontab
/etc/rc2.d

Gestores de arranque:
Grub legacy:
/boot/grub/menu.lst Archivo para configuración de Grub Legacy.
Grub 2:
/etc/default/grub Archivo de configuración de Grub 2.

Redes:
/etc/inetd.conf Este archivo es utilizado por el demonio inetd, conocido cómo el supervidor de red
/etc/network/interfaces Archivo de configuración de la red
/etc/resolv.conf Archivo de configuración del servidor DNS
/etc/hosts Archivo que asocia la dirección IP de un equipo con su nombre
/etc/ssh/sshd_config Archivo de configuración del servidor SSH
/etc/ssh/ssh_config Archivo de configuración del clinte SSH

Seguridad:
/etc/passwd Información de los usuarios locales
/etc/shadow Archivo de la contraseña cifrada
/etc/group Archivo donde guarda la información sobre los grupos existente en nuestro sistema
/etc/gshdow Archivo de la contraseña cifrada para los grupos
/etc/hosts.deny Archivo que deniega conexiones a nuestro equipo a las IP`s que se le agregen (ALL: dirección-IP)
/etc/hosts.allow Archivo que permite conexiones a nuestro equipo a las IP`s que se le agregen (ALL: dirección-IP)
hosts.allow tiene prioridad sobre hosts.deny

Servidor web:
/etc/apache2/apache2.conf Archivo de configuración del servidor web apache
/etc/mysql/my.cnf Archivo de configuración del servidor de base de datos mysql
/etc/samba/smb.conf Archivo de configuración del servidor samba

Ejemplos de como visualizar el contenido de un archivo

Ejemplos de como editar el contenido de un archivo

Hay una gran variedad de archivos de configuración que serán diferentes dependiendo de la distribución y paquetes instalados, pero los mencionados anteriormente pueden constituir los más utilizados. Te invito a pasearte y familiarizarte con los archivos de configuración.